Kotogakko não são de frequência obrigatória no Japão (equivalem ao ensino secundário em Portugal) mesmo assim cerca de 94% dos alunos graduados no chugakko frequentam os kotogakko.
Ao contrário das escolas referidas anteriormente a frequência no kotogakko não é grátis, estima-se que as despesas sejam por volta dos 300.000 Yen (aprox. 3000€).
Todos os anos efectua-se um ranking das escolas, públicas e privadas, com base no sucesso em colocar os seus estudantes nas universidades com mais prestígio.
Na década de 80, as kotogakko privadas ocupavam um nível superior na hierarquia, exercendo uma pressão para que os estudantes tirassem boas notas nos exames de admissão.
A admissão também depende das notas finais e da evolução dos alunos ao longo da chugakko.
Normalmente as kotogakko são a tempo inteiro, o programa geral é composto por cursos académicos que preparam os estudantes para a universidade e também por cursos técnicos e vocacionais que orientam os estudantes que pretendem trabalhar depois da graduação.
Um baixo número de escolas oferece também cursos nocturnos, cursos por correspondência e cursos part-time.
Durante o primeiro ano os estudantes do curso académico e curso comercial têm um programa similar, que inclui japonês, inglês, matemática e ciências. No segundo ano o conteúdo do curso à mais individualizado e especializado